Dagens laboration gick ut på att rena plasmider (innehållande pLL37 som insert) från värdbakteriernas övriga cellmaterial. Detta innefattar kromosomalt DNA, RNA, proteiner och övrigt celldebris (t.ex. cellväggen). Reningen innebar en alkalisk denaturering samt rening på glasfiberkolonn.
När plasmidlösningen till slut blivit "ren", testades renheten genom absorbansmätning med spektrofotometer.
Absorbansmaximum för DNA finnes vid 260 nanometer och detsamma för protein finnes vid 280 nanometer. Kvoten mellan dessa värden bör inte understiga 1,8 - gör den det kan en proteinförorening konstateras. OBS! En kvot som är större än 1,8 betyder dock inte att provet INTE kan innehålla föroreningar av annat än protein, som t.ex. kromosomalt DNA.
Vår (min och Alina del Portos) plasmidlösning gav kvoten:
A260/A280 = 1,83
Sannolikt innehåller då lösningen åtminstone inte några proteinföroreningar!
Med hjälp av absorbansen beräknades även DNA-koncentrationen i plasmidlösningen. En absorbansenhet motsvarar 50 µg/ml, vilket innebär att det värde på absorbansen som vi fått fram kan multipliceras med 50 för att få fram koncentrationen.
A260 = 0,075
c = 0,075 x 50 µg/ml = (0,075 x 50)/1000 µg/µl = 0,00375 µg/µl
Plasmidlösningen var dock spädd 100 gånger med TE-buffert, så detta speglar DNA-koncentrationen i spädningen. Ospädd plasmidlösning har koncentrationen:
c = 0,00375 x 100 µg/µl = 0,375 µg/µl